Sogar Tilly hielt sich mit seinem Stab 14 Tage lang in Helmstedt auf.

Die elfwöchige Einquartierung der ligistischen Truppen kostete die Stadt allein 13.000 Taler. Selbst die der Stadt 1628 im Hinblick auf die Universität ausgestellten Schutzbriefe von den protestantischen Fürsten, weil die Universität als Hochburg des Protestantismus galt, von den katholischen Fürsten, weil sie eine kaiserlich privilegierte Einrichtung war – konnte nicht verhindert, dass die Stadt weiterhin von kleineren Abteilungen heimgesucht wurde. So wurden 1634 die Hospitäler St. Georg und St. Annen, das im Westen außerhalb der Stadt lag, sowie das in ein evangelisches Damenstift umgewandelte Kloster Marienberg geplündert. 1642 wurde St. Annen von schwedischen Truppen so verwüstet, dass es nicht wieder aufgebaut wurde. Die Stadt selbst bleib zwar von Zerstörungen weitgehend verschont – einige Häuser in Streplingerode sollen dem Krieg zum Opfer gefallen sein - doch hat sie unter den jahrelangen Einquartierungen und hohen Abgaben schwer zu leiden gehabt.

Trotz dieser unruhigen Zeiten nahm die Universität schon 1628 ihren Vorlesungsbetrieb wieder auf, in bescheidener Form zunächst mit nur wenigen Professoren, deren Zahl bis zum Ende des Krieges 1648 auch nur zögernd, dann aber umso stärker anwuchs. Die Studentenzahlen waren schon seit 1637 wieder kräftig gestiegen.

Dank der Förderung des Landesherrn, der eine Reorganisation der Universität durchführte und die Collegiengebäude renovieren und teilweise neu ausbauen ließ, vor allem aber aufgrund der angesehenen Wissenschaftler, die in Helmstedt lehrten, erlebte die Universität in der zweiten Hälfte des 17 Jhs. eine neue Blütezeit. Überragende Gestalt dieser Epoche war neben den noch immer tätigen Georg Galixt, der in allen Fakultäten beheimatete Hermann Conring, der Begründer der deutschen Rechtsgeschichte und einer der bedeutendsten Professoren Helmstedts überhaupt.